Trường Trung học Phổ thông Đông Đô ra đời năm 1991 trong tiến trình đổi mới nền giáo dục Việt Nam, đã vượt qua một chặng đường đầy thử thách khó khăn, từng bước xây dựng và phát triển, trở thành một mô hình giáo dục mới, chất lượng cao trong hệ thống trường phổ thông Việt Nam.

Ngày 15/07/1991 UBND thành phố Hà Nội đã ra Quyết định số 1254/QĐ thành lập Trường Trung học Phổ thông Dân lập Đông Đô và bổ nhiệm TS. Võ Thế Quân làm Hiệu trưởng. Đây là trường phổ thông ngoài công lập thứ 3 được thành lập ở Thủ đô. Năm 2010 đánh dấu bước chuyển đổi Trường THPT DL Đông Đô sang loại hình Trường Tư thục và lấy tên Trường Trung học Phổ thông Đông Đô.