Bên cạnh việc học văn hóa theo chương trình của Bộ GD&ĐT, học sinh được tham gia:
- Lớp chất lượng cao
- Lớp tiếng Anh nâng cao lấy chứng chỉ quốc tế IELTS chuẩn bị du học sang các nước nói tiếng Anh
đảm bảo đủ điều kiện thi tốt nghiệp THPT, xét tuyển vào các trường đại học, cao đẳng, du học sang các nước nói tiếng Anh.
Chương trình đào tạo trong năm học được chia thành 5 giai đoạn. Trong mỗi giai đoạn, Nhà trường tập trung giải quyết những phần trọng tâm trong chương trình các môn học và tổ chức các kỳ thi nghiêm túc, chặt chẽ khi kết thúc giai đoạn. Qua mỗi kỳ thi giai đoạn, Nhà trường có sự đánh giá kịp thời về chất lượng đào tạo và tìm những giải pháp phù hợp để nâng cao chất lượng học của học sinh. Sau mỗi giai đoạn, Nhà trường phân bố lại các lớp theo trình độ học tập của học sinh và xét chọn học sinh xuất sắc trao Giai thưởng Đông Đô. Quy trình này đã tạo ra động lực bên trong của quá trình học tập ở mỗi học sinh, thúc đẩy các em tự giác học tập, tự hoàn thiện kiến thức của mình.
Từ năm 2003, Nhà trường đề ra chủ trương làm Bài tập Nghiên cứu khoa học cho học sinh nhằm giáo dục năng lực tự học và làm quen với phương pháp nghiên cứu khoa học trong học sinh THPT. Chủ trương này đã đạt được kết quả đáng khích lệ. Trên 700 học sinh đã tham gia nghiên cứu trên 400 đề tài trong hơn 12 năm qua. Tập dượt nghiên cứu khoa học đã trở thành một phong trào hấp dẫn trong học sinh. Qua thực hiện các đề tài khoa học, các em đã học được những kỹ năng cơ bản về phương pháp nghiên cứu khoa học, rèn luyện năng lực tự học, tạo được hứng thú say mê học tập. Giải thưởng Búp sen xanh được hình thành từ năm 2006 đến này đã tặng cho 177 đề tài nghiên cứu của các tập thể học sinh về các môn Văn, Lịch sử, Địa lý, Giáo dục công dân, Toán, Vật lý, Sinh học, Hóa học, Tiếng Anh…
Lớp chất lượng cao với mục tiêu giúp các em học sinh phát triển năng khiếu, tạo nguồn học sinh giỏi cho các kỳ thi học sinh giỏi thành phố, quốc gia, quốc tế và góp phần chuẩn bị nguồn nhân lực chất lượng cao cho đất nước.
- Chương trình nâng cao theo chuyên đề phù hợp với đối tượng học sinh: 8-10 tiết/tuần ở các môn Toán, Tiếng Anh
- Bồi dưỡng cho học sinh có năng khiếu tham gia các đội tuyển học sinh giỏi.
- Học văn hóa kết hợp với thể thao, nghệ thuật và các hoạt động ngoại khóa.
- Học nhóm, tự học theo chủ điểm dưới sự giám sát và hỗ trợ của các giáo viên chuyên môn.
- Ôn luyện và kiểm tra trực tuyến kiến thức theo chương trình học chi tiết tới từng chương định kỳ theo hàng tuần, hàng tháng, chuyên đề, học kỳ 1, học kỳ 2 và cả năm học nhằm đánh giá khách quan nhất năng lực thực sự của học sinh, đồng thời bổ sung và tăng cường kiến thức thường xuyên.
- Học sinh được học kỹ năng bơi, xóa mù bơi tại bể bơi trong nhà của trường ngay khi vào học lớp 10.
- Học sinh có các giờ Đọc sách, các giờ Sinh hoạt tập thể và các bộ môn năng khiếu như: Võ thuật, Khiêu vũ thể thao, cờ vua, bơi lội,…
- Học sinh được học chương trình đào tạo kỹ năng sống, tham gia các hoạt động trải nghiệm trong và ngoài trường, phát triển kỹ năng mềm thông qua các câu lạc bộ.
- Giáo viên chủ nhiệm chuyên trách: nắm vững tâm lý học sinh, giàu kinh nghiệm quản lý giáo dục học sinh.
Năm 2009, trường thành lập thêm 2 bộ môn mới là Bộ môn Giáo dục Quốc phòng – An ninh, và Bộ môn Giáo dục Kỹ năng sống, nhằm thực hiện có hiệu quả các chương trình giáo dục toàn diện cho học sinh. Việc giáo dục kỹ năng sống cho học sinh trên cơ sở thực hiện 10 thói quen tốt đã từng bước có tác dụng nâng cao nhận thức và hành vi ứng xử văn hóa, bồi dưỡng nhân cách người Việt Nam hiện đại cho học sinh.
Hàng năm, Nhà trường tổ chức các ngày hội, ngày thi, phong trào hoạt động tuổi trẻ học đường, nhằm tăng cường giáo dục thể chất và rèn luyện đạo đức, tác phong thanh lịch cho học sinh, như:
- Hội khỏe Phù Đổng
- Hội thi Học sinh Đông Đô thanh lịch
- Đại hội Học sinh tiêu biểu được tổ chức 3 năm một lần, tôn vinh những thành quả học tập và ý thức rèn luyện của học sinh trong toàn trường.
- Tập san Đông Đô của Nhà trường cho đến nay đã xuất bản được hơn 100 số.
Nhiều tổ chức đang hoạt động tích cực và có hiệu quả như:
- Hội Cựu chiến binh;
- Hội Liên hiệp thanh niên;
- Hội Chữ thập đỏ;
- Hội Khuyến học;
- Hội Khoa học tâm lý – giáo dục;
- Hội Hữu nghị Việt – Trung, Hội Hữu nghị Việt – Nga;…
Đoàn TNCS Hồ Chí Minh Nhà trường đã có nhiều hoạt động tích cực trong phong trào thanh niên trường học của quận Tây Hồ và Thủ đô. Đoàn trường Đông Đô liên tục được công nhận là Đoàn trường tiên tiến xuất sắc.
- Giải thưởng Đông Đô: xét 2 tháng một lần căn cứ điểm kiểm tra môn học của học sinh;
- Giải thưởng Búp sen xanh: dành cho đề tài nghiên cứu khoa học của học sinh;
- Học bổng Đông Đô: xét 1 học kỳ một lần dành cho học sinh có hoàn cảnh gia đình khó khăn hoặc học sinh có tiến bộ vượt bậc trong học tập;
- Học bổng Võ Thế Quân: dành cho các em học sinh đạt kết quả cao trong học tập và rèn luyện đạo đức;
- Giải thưởng Lớp trưởng giỏi, Giải thưởng Bí thư chi đoàn giỏi, Giải thưởng Đội trưởng cờ đỏ giỏi.
Mỗi năm, Nhà trường dành khoảng 200 triệu đồng để bồi dưỡng khen thưởng học sinh giỏi, trao tặng các Giải thưởng, Học bổng, giúp đỡ các em học sinh gia đình có nhiều khó khăn và gia đình chính sách. Riêng các năm học vừa qua, Nhà trường đã dành trên 500 triệu đồng để tặng Học bổng cho các em học sinh giỏi, học sinh có hoàn cảnh khó khăn đặc biệt.
Với chương trình giáo dục và đào tạo hiện đại, thiết thực, Trường THPT Đông Đô đã thu hút một bộ phận học sinh khá và giỏi của Hà Nội và các tỉnh bạn vào học tập, góp phần thiết thực vào sự nghiệp xã hội giá giáo dục và tiến tới phổ cập THPT của thành phố Hà Nội