Nhằm tăng cường việc trang bị kĩ năng phòng chống đuối nước cũng như rèn luyện thể lực cho học sinh, từ năm 2005, Trường PT Đông Đô đã tổ chức các lớp học bơi cho học sinh từ tiểu học đến lớp 12. Dịp hè hằng năm, từ ngày 01/7, học sinh được dạy kĩ năng bơi 3 buổi/tuần tại bể bơi trong khuôn viên nhà trường. Lớp học bơi do giáo viên bộ môn Thể dục của nhà trường trực tiếp phụ trách. Những học sinh chưa biết bơi được học những kĩ năng cơ bản để “xóa mù bơi”, còn những học sinh đã biết bơi thì được các huấn luyện viên củng cố, nâng cao kĩ năng bơi lội.
Lớp dạy bơi cho các em học sinh được tổ chức đảm bảo an toàn, hiệu quả, thiết thực gắn với nhu cầu của mỗi cá nhân, gia đình. Trong quá trình học tập, có sự giám sát chặt chẽ của các huấn luyện viên, các cộng tác viên phụ trách lớp.
Từ năm 2005 đến nay, nhờ việc duy trì đều đặn việc dạy bơi cho học sinh, Trường PT Đông Đô đã “xóa mù bơi” cho 100% học sinh Tiểu học và THCS, 80% học sinh THPT. Nhà trường được đánh giá là một trong những trường Phổ thông đi đầu trong cả nước về việc dạy bơi cho học sinh.